Linux 下的文献管理与使用

Linux下很难有兼容性好的Office软件的文献管理软件（Reference Management Software, RMS）内部插件，因此文献的引用会不如Windows或者MacOS系统上方便。本文给出了从Citavi转移到Linux上文献管理软件Zotero的简单思路，以及文献引用和Trilium Note与RMS使用的方法。

输入

输入工具

• Zotero
• Trilium Notes

迁移文献管理软件 (RMS)

功能的对等

Zotero的使用思路是与Windows差不多的，但是有些许不便利的地方。

首先Citavi文献的categories可以等同于Zotero的collection，不过collection以及subcollection的建立在Zotero当中是要按照字母顺序来自动排列的，如果想要定义必须在前面加入001，002这样的数字才可以进行排列。之后Citavi文献的groups是相当于Zotero的tags，但是似乎二者相互导入到处tags对应的是keywords，属实让人有些迷惑。

顺便解释一下，collections/categories是无限层级的一个分类，可以表示从属关系，这也是很多笔记的一个思路。不过从Citavi迁移到Zotero很方便的是而且支持同一个条目存在与不同的collections/categories。tags/groups都是无须的且无层级的分类，只能表示条目的相关性。

理念的差异

Citavi和Zotero存在理念上的不同。

Citavi可以称之为接近完美的All-In-One文献管理工具，它将笔记和文献分离成Reference和Knowledge两个板块，很好的将整个逻辑清晰，但是它们的笔记不支持md，输入有些困难，从Knowledge的角度更倾向于短小的笔记，直接引用。但是Citavi本身自带的RSS阅读器就是很鸡肋的一个工具，不支持RSS源分组，不支持导入RSS源文件，甚至通知不及时；此外tasks工具也是很鸡肋，几乎无法使用，而且跟Reference以及Knowledge占据同样篇幅的版面，实在令人不解。

Zotero本身我更倾向于认为是一个社区驱动的软件，但是Zotero的社区有点让人迷惑，不像Arch或者Debian的社区一样。Zotero本身只提供文献一个板块，并且Zotero本身并不是很智能。Citavi的作者大小写转换，Zotero不可以；Citavi管理文件不需要生成乱码的文件夹，Zotero需要；Citavi可以自定义文献的储存位置，Zotero需要Zotfile插件才可以；Citavi可以批量操作文件，Zotero需要借助Zutilo插件才可以。Zotero有太多太多的功能是使用插件完成的，而这些基础功能本身就应该集合在这个管理工具本身（甚至目前，正式版本5.0.96都没有PDF阅读器）。Zotero beta版本有很好用且比Citavi内置笔记顺滑的standalone note还有跟edge一样基于pdfjs的PDF阅读器。

Zotero将PDF文件本身所带有的注释和笔记考虑在内，beta版本已经可以将所有注释合成一个长笔记（这原本是其一个插件的功能，终于整合了），其倾向也是长笔记，这点与Citavi不同。而Citavi只考虑在其阅读器内做的笔记，所以更为封闭，并且导出格式非常另人无语。如果你非要在文献管理软件内做笔记，就在对应的collection下面建一个Zotero的standalone note，使用Mdnotes for Zotero插件导出，或者直接导出。

思路

笔记

这个时候应该抛弃对All-In-One这种完美工具的幻想，其实RMS的笔记无序、导入导出困难是因为笔记没有任何公认的标准，即使markdown被普遍使用，RMS也没有达成一致。但是markdown相较于富文本有着更加简单的标准，很多平台也支持，比如github、简书、typecho、AUR等。

这里应该选择一个你喜欢的并且开放有搜索功能的markdown笔记软件。这里我选择Trilium Notes而不是现在很火的Notion，Roam Research或者Obsidian是因为这些软件都不是开源软件，而且你需要为此付费。如果它们某一天免费，恐怕你的数据就是它们牟利的方式。我经历过果壳社区、十五言等社区的倒闭，你的数据因此消失，所以，永远也不要相信一个商业公司可以很好地保存你的数据。

你可以在无限层级的Note里根据Zotero的Collection或者你想要的逻辑层级或者你需要的任何逻辑建立笔记。这里比较方便，不像Zotero，Trilium可以自定义笔记顺序，并且可以使用Ctrl + O添加同级note，可以使用Ctrl + P添加child note，并且其promoted label是功能非常强大的，你可以设置DIY自己的笔记并自己决定其用途。

文献

Zotero中可以使用Better BibTex for Zotero插件自定义你自己风格的citation key，若想要更改，在Edit > References > Better BibTex > Citation Keys中设置，我一般使用[auth:lower][year]，这样方便使用和记忆。此插件可以输出任意范围的文献的bibtex文件。当设置好，可以使用pin citation key防止citation key的跟更改；如果想要刷新你的设置，使用fresh citation key。

引用

markdown对于文献的引用主要有几种格式，分别为[@citation_key]或者@citation_key或者为[@citation_key1, @citation_key2]来进行标记。这里的citation_key就是zotero中你所需要文献所对应的citation key。

输出

输出工具

• Pandoc
• Trilium Notes等md笔记工具
• WPS等office工具

输出思路

Trilium Notes的输出

如果想要通过I-M&M-R-D的结构来输出论文并且每部分都有几个，可以将每一结构选择export > this note and its descendants > markdown，然后每个文件夹内使用pandoc进行转化，这个在后面讲。

也可以把你需要的关键词使用Full Search功能进行搜索，对自笔记使用Shift选择两个以上，之后使用Ctrl + A进行全选，Ctrl + C进行复制，新建一个note之后选中进行Ctrl + V进行复制，之后可以export > this note and its descendants > markdown导出。

对于你设置标签的note可以进行搜索#你的标签进行定位，其他操作方式相同。

pandoc的转换

文件夹内的markdown文件可以使用pandoc进行合并

pandoc *.md -o test.md //替换test.md为你需要的名字

将zotero导出的bib文件，md文件以及你需要的格式文件csl（citation style language）文件放置于同一文件夹中，使用如下命令转换出docx文件

pandoc --citeproc --csl test.csl --bibliography test.bib test.md -o test.docx //将test.csl test.bib test.md替换为你文件夹中对应的文件，test.docx是你想要的文件

WPS等兼容office工具的编辑

目前linux系统下WPS是对于docx文件兼容性比较好的，还有一个是java写的永中offfice是对docx兼容比较好的，但是打开比较慢。用office等工具来编辑输出肯定比latex更为高效且学习成本低。